A békésiek az 1530-as évek közepén ismerték meg a reformáció tanait. Szegedi Kis Istvánt 1552-ben hívták meg, aki a reformáló munkát mind az egyházban, mind az iskolában hallgatói nagy megelégedésére végezte. Lelkész és rektor is volt egyidőben. Őt tekintjük a deákiskola megalapítójának. Az iskola a debreceni Református Kollégium partikulája volt. A község és az egyház tartotta fenn közadakozásból, ami nem kis áldozatot követelhetett. Ebből az időből kevés adat áll rendelkezésünkre az iskola történetéről, annyit azért tudunk, hogy az itt tanuló diákok közül később többen Debrecenben a Kollégium tanulói, néhányan pedig Wittenbergben és Heidelbergben az egyetem hallgatói lettek. Hajnal Ábel professzor idejében, 1839-ben vált reálgimnáziummá az iskolánk. 1847-ben főgimnáziumi rangot kapott. A “tápintézet” felállítása 1866-ban történt, szintén Hajnal Ábel kezdeményezésére. Az iskola fejlesztésének érdekében a fenntartó testület az államhoz folyamodott segélyért.
Erre azonban csak akkor számíthatott, ha a 8 osztályos gimnáziumi képzést beindítja. Így született meg a presbitérium és a város képviselőtestülete részéről 1895-ben a határozat egy új gimnáziumi épület felépítéséről, melynek átadása 1902-ben volt. A sikeresen működő iskola életét az első világháború megbénította. Tanárt, diákot egyaránt besoroztak, s többen áldozták életüket a hazáért. Az öregdiákok egyesülete által elhelyezett emléktáblán, a bejáratnál, ma is olvasható az elesettek neve. 1937-ben a tanulói létszám 360-ra nő. Szerepe van ebben a megnyílt internátusnak is. Ebben az évben vette fel a gimnázium Szegedi Kis István nevét. 1948-ban gimnáziumunkat is államosították, és a képzést 4 évfolyamosra korlátozták. Az egyház csak 1992-ben kaphatta vissza iskoláját. Az átszervezés fokozatos volt, és 1994-ben fejeződött be az első ütem, amikor egy általános iskola is visszakerült a református egyház tulajdonába, s közös irányítású, egy iskolarendszerben történik az oktató- nevelőmunka. A saját fenntartású kollégium szervezeti kereteinek kialakítása megtörtént.
Iskolánk helye a település és a régió életében
Iskolánk vonzáskörzete Békés városra és környékére, a békési Egyházmegyére és az egész Tiszántúlra kiterjed. Sajátos helyzetünknél fogva, és hagyományainkhoz ragaszkodva nemcsak a református fiatalság nevelését, oktatását vállaljuk, hanem más felekezetek (katolikus, baptista, pünkösdista stb.) fiatalságának egyházi szellemben történő nevelését is, mind az általános, mind a középfokú oktatásban. Településünkön, iskolánkon kívül még három általános, egy speciális (gyógypedagógiai) alapfokú oktatási intézmény, egy középfokú oktatásiintézmény (szakközépiskola és gimnázium) végez oktató- nevelőmunkát:
Eötvös József Általános iskola: ének-tagozat, Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola: matematika tagozat, testnevelés tagozat, Karacs Teréz Általános Iskola angol-német tagozat. Egy középfokú iskola működik még a városban, a Farkas Gyula Szakképző Intézet és Gimnázium, ahol gimnáziumi képzés, valamint ipari és mezőgazdasági szakmák képzése folyik. A mi feladatunk a többi oktatási intézménytől alapvetően különbözik, hiszen keresztyén szellemben kívánjuk tanulóinkkal megismertetni a nemzeti-, európai- és egyetemes emberi kultúra legmaradandóbb értékeit, erkölcsi és jellembeli szilárdságot teremtve bennük.